U Brodsko-posavskoj županiji 8 je zaštićenih područja. Sedam područja je pod upravom Javne ustanove za upravljanje zaštićenim dijelovima prirode Brodsko-posavske županije - Natura Slavonica. To su:
posebni rezervat šumske vegetacije Prašnik
posebni rezervat šumske vegetacije Muški bunar
posebni ornitološki rezervat Jelas ribnjaci
posebni ornitološki rezervat Bara Dvorina
značajni krajobraz Jelas polje
značajni krajobraz Pašnjak Iva
Osmo zaštićeno područje je Park prirode Lonjsko polje čiji istočni kraj ulazi u Brodsko-posavsku županiju. Parkom upravlja Javna ustanova Park Prirode Lonjsko polje.
Osim zaštićenih područja, pod upravom Javne ustanove za upravljanje zaštićenim prirodnim vrijednostima Brodsko-posavske županije je i 21 područje Nacionalne ekološke mreže.
